A capela São José sempre esteve ligada fisicamente ao Instituto Cristóvão Colombo, no mesmo prédio, desde 1895, moralmente e espiritualmente aos padres diretores do Instituto Cristóvão Colombo. Em 30 de outubro de 1957 foi criada a Paróquia com o nome de São João Batista. Abrangia o território da Avenida Nazaré, iniciando na rua Barão de Loreto até Ribeiro do Amaral, da Arcipreste Ezequias, até Rua Vergueiro, da Vergueiro até a 24 de Outubro. O Cardeal Dom Carlos Carmelo de Vasconcelos Motta, criou por aquele decreto a paróquia amovível, tendo como sede provisória a “ antiga capela do Instituto”.
Os padres do Instituto Cristóvão Colombo atendiam, naqueles tempos… 1895 – 1910 etc, não só a redondeza do Ipiranga, mas a cavalo atendiam São Caetano, São Bernardo do Campo e Santo André… até aquelas comunidades se tornarem autônomas com suas paróquias. Naquela época, a paróquia mais próxima era a paróquia do Cambuci. Em 1914 foi criada a paróquia São José do Ipiranga. Em 1940 a paróquia de Nossa Sra do Sião, Nossa Senhora das Dores e Nossa Sra Aparecida. A paróquia São João Batista teve como seu primeiro pároco em 1957, o Pe. Pedro Zamberlan . Em 1964 veio trabalhar como pároco, Pe. Alcides Zanella. Em 1968, Pe. João Garbossa. Em 1973 , Pe. Romano Bevilocgna.
Em 1974, Pe. Hermes Acinanti. 1983, Pe. Fulvio Patazzini. 1984, Pe. Pedro Zamberlan, (falecido em 1985). 1985, Pe. Luciano Bonotto e Pe. Francisco Dodi. Em 1992 assumiu como pároco o Pe. Jorge Cunial e no ano de 2000 Pe. Natal Ubaldi. Em 2003 Pe. Ottone Tasca que continua seu trabalho junto ao povo da Paróquia São João Batista.