Ao longo de mais de quatrocentos anos, a Igreja do Colégio passou por grandes transformações. De cabana em 1554, a igreja ganhou contornos da arquitetura colonial jesuítica durante o século XVII e sofreu com o abandono após a expulsão dos jesuítas no século XVIII. Em fins do século XIX decidiu-se, através de um acordo entre o Bispado de São Paulo e o Governo da Província, pela demolição do templo em lugar da reconstrução, após o desabamento de parte de seu telhado durante uma tempestade em 1896. Já no século XX, após a devolução do Pateo do Collegio para a Companhia de Jesus como um dos marcos iniciais das comemorações do Quarto Centenário da Cidade em 1954, a igreja pôde ser reconstruída sendo inaugurada em 1979. Em 1980 o padre José de Anchieta passa a ser seu padroeiro após ser beatificado pelo papa João Paulo II. Em 2009 a igreja passa por sua última reforma onde se buscou a unidade entre a celebração e o espaço litúrgico. Finalmente em 2014 a igreja tem seu padroeiro canonizado pelo papa Francisco e passa a se chamar “Igreja São José de Anchieta”. É neste ambiente amplo e com decoração única que a igreja acolhe seus fiéis nas missas cantadas, sempre acompanhadas pelo órgão de aproximadamente mil tubos sob a direção da Schola Cantorum, e nas celebrações de batismos e casamentos.