A história da Paróquia São Luís Gonzaga está vinculada à história do Colégio São Luís, que foi fundado na cidade de Itu, interior de São Paulo, em 1867. No ano de 1917, foi transferido para a Capital, na atual quadra da Avenida Paulista, onde existia o Colégio Anglo-Brasileiro.
Durante os anos de 1932 e 1933, o antigo edifício foi reformado e complementado por outro, ocupando toda a fachada da Avenida Paulista. Na ocasião, na esquina da Av. Paulista com a Rua Bela Cintra, foi construída a Capela do Colégio.
Lançou-se a 1ª pedra do novo edifício no dia do padroeiro das escolas católicas, São Tomás de Aquino, que celebramos em 7 de março. A bênção foi dada pelo Exmo. Sr. Arcebispo Metropolitano, com a presença de grande número dos antigos alunos, famílias, pessoas amigas e os alunos do Colégio.
Em março de 1935, terminada a construção da nova Capela, houve a benção, oficiada por S. Exmo. Sr. Arcebispo Dom Duarte Leopoldo e Silva. A consagração só aconteceu em 1º de novembro do mesmo ano, por Dom José Gaspar de Fonseca e Silva, Bispo Auxiliar da Arquidiocese.
A então capela do Colégio São Luís tornou-se Paróquia de São Luís Gonzaga, por Decreto do Arcebispo Metropolitano Dom Agnelo Rossi, em 10 de abril de 1966, e foi confiada à Companhia de Jesus, Ordem dos Jesuítas, fundada em 1540 por Santo Inácio de Loyola.