No dia 05 de janeiro de 1640, chegam a São Paulo os 7 frades fundadores do Convento São Francisco (ermida Santo Antônio do Largo Patriarca). Em 24 de dezembro de 1642 foi feita a doação, aos frades, do terreno onde hoje é o Largo São Francisco. No dia 17 de setembro de 1647, inauguração do Convento São Francisco.
Em 1757 foi feita a doação de mais terrenos anexos. Em 1744 realizou-se grande reforma do Convento, tornando características atuais.
Em 1788 inaugurou-se a Capela da ordem Franciscana Secular ao lado do convento.
Em janeiro de 1828, houve a abertura do Curso Jurídico, na Sacristia do convento; início da atual faculdade de Direito São Francisco. Desde 3/12/1828, o governo gozou do uso do Convento todo para a Faculdade. Em 1940 a propriedade do terreno da Faculdade passa à Nação.
No final do século 19 um incêndio destruiu parte do Convento e a Capela-Mor com a consequente reforma.
Em 1941 foi construído, nos fundos, um prédio de seis andares, o qual se torna a sede do Provincialado até janeiro de 2004.
Em 1997, Dom Paulo Evaristo Arns decretou a Paróquia e Convento São Francisco também como Santuário de São Francisco.