No ano de 1960, foi construída uma capela na Avenida do Contorno, de Nossa Senhora Aparecida, na Vila Lajeado, bairro formado por nordestinos, japoneses, portugueses, espanhóis e italianos, operários e comerciantes do CEAGESP.
Nessa capelinha foi organizado um pequeno catecismo para as crianças. Periodicamente, vinha um padre da Paróquia São José do Jaguaré para celebrar a Santa Missa.
No dia 18 de Outubro de 1966, Sua Eminência o Cardeal Dom Agnelo Rossi erigiu a nova paróquia de São Francisco de Assis da cidade de São Paulo no Jaguaré e nomeou como primeiro pároco Padre André Mortari.
Em 1970, Padre André construiu o novo prédio da paróquia que funciona como Matriz na avenida Gal. Mac Arthur, 1130.
Dentro do território paroquial existe um convento das Irmãs Franciscanas Missionária de Maria e uma Capela que também é dedicada a São Francisco de Assis. A mesma pertence à família Matarazzo, que na pessoa da condessa Graziela nos cede o espaço para as missas dominicais, batizados e casamentos.